Depuis leur installation sur le site Descartes en 2001, les livres dont la date d’édition est antérieure à 1830 ont été rassemblés et constituent le fonds ancien Université de Lyon.

Cette collection comprend environ 15 000 titres, représentant 28 000 volumes. Parmi les pièces remarquables, on dénombre vingt manuscrits médiévaux (signalés dans Calames), une vingtaine d’incunables, environ 900 livres édités au XVI^e siècle. La collection, très classiquement, est encyclopédique : on y trouve des ouvrages de droit, de lettres, d’histoire, des livres religieux (notamment des controverses), des récits de voyages, les grands dictionnaires et encyclopédies du XVIII^e, etc. Elle est globalement cataloguée dans le SUDOC.

En 1915 entre à la Bibliothèque universitaire de Lyon le fonds Paul Bourde, riche d'environ 1 500 documents consacrés à la Révolution française et à l'Empire. Tous les aspects de ces périodes sont représentés, notamment l’histoire militaire. Il est entièrement catalogué.

Paul Bourde semble avoir voulu rassembler tous les récits et mémoires militaires alors disponibles, qu'il s'agisse de l'armée française ou de ses adversaires anglais, russes, autrichiens... Pour l'Empire comme pour la période révolutionnaire, il a également collectionné un grand nombre de brochures, pamphlets, journaux clandestins, comptes-rendus de procès, discours imprimés où s'expriment, parfois violemment, des opinions antagonistes.

Ces documents sont des témoignages précieux qui rendent compte, au-delà d'épisodes militaires marquants, des conditions de vie des officiers et soldats de l'époque. Des cartes et plans des principales batailles napoléoniennes présentent un grand intérêt historique.

Ce fonds est issu de la bibliothèque personnelle du libraire d'origine hongroise Bela Elek (1930-2003). Il a intégré les collections de la bibliothèque fin 2004, les enrichissant de plus de 9 000 volumes de philosophie politique, d'histoire sociale et d'histoire des idées.

Il est entièrement catalogué dans le SUDOC.

La collection rassemble plus de 9 000 volumes intéressant la philosophie politique, l'histoire sociale et l'histoire des idées.
L'histoire contemporaine, et en particulier celle de la première moitié du XX^e siècle, est un des thèmes majeurs abordé par ce fonds. Une place de choix est faite aux pays européens, principalement l'Allemagne (on y trouve un volumineux corpus sur la République de Weimar et la période hitlérienne), la France, l'Italie et l'Espagne, mais l'URSS, les pays d'Amérique latine et les Etats-Unis sont également présents.

Cet ensemble constitue une source importante pour la philosophie : les œuvres de Kant, Hegel, Nietzsche, Jaspers, des philosophes de l'Ecole de Francfort (pour ne citer que quelque uns), sont accompagnées d'études critiques en langues étrangères.

La pensée politique représente un autre axe fort de cette collection qui aborde les différentes idéologies qui ont particulièrement marqué le siècle passé : le communisme, le nazisme, le fascisme et le franquisme. Ce fonds apporte par ailleurs d'intéressantes ressources documentaires sur la théorie de l'Etat, la question du pouvoir et de la liberté, ainsi que sur l'utopie.

Entré en 2003 à la bibliothèque, le fonds Michel Lejeune comprend environ 500 livres et 2700 tirés-à-part consacrés à la linguistique ancienne (latin, grec mycénien, grec, indo-européen, étrusque, dialectes italiques, ibère, hittite, langues de l'Asie Mineure et de l'Anatolie ancienne), à la philologie, à la grammaire comparée des langues indo-européennes ainsi qu’à l’histoire, l’épigraphie et l’archéologie du bassin méditerranéen aux époques classiques. Tous ces documents sont catalogués dans le SUDOC.

Il comprend également un ensemble de cahiers manuscrits de Jean Effel (pseudonyme de François Lejeune) qui a cherché à inventer une langue universelle.

Le fonds Salomon Reinach est une partie de l’ensemble légué à l’Université de Lyon par la veuve de l’historien et archéologue Salomon Reinach dans l’entre-deux guerres. Il s’agit de la partie de sa bibliothèque consacrée au sionisme, déposée par la Maison de l'Orient et de la Méditerranée (MOM) en 2005. Ce fonds contient des ouvrages assez rares ainsi que quelques manuscrits. Les ouvrages sont catalogués dans le SUDOC.

Donné en 2001 à la bibliothèque, ce fonds rassemble environ 5 000 documents d'archives théâtrales de nature variée rassemblés par René Thomas-Coële, proche collaborateur de Louis Jouvet dans les années 1940.

Un tiers du fonds est consacré à Louis Jouvet, de ses débuts au théâtre au sein du Groupe d'Action d'Art et du théâtre du Château-d'Eau jusqu'aux manifestations réalisées en son honneur après sa mort. On y trouve :
Le fonds rassemble également des archives concernant des personnalités proches de Louis Jouvet en particulier les autres membres du Cartel des quatre, Baty, Dullin, Pitoëff ainsi que Jacques Copeau et André Barsacq. La documentation concernant Jean Giraudoux est particulièrement riche : textes de ses pièces dans leurs différents états, notes sur les mises en scène...
Plus largement, ce fonds d'archives reflète les intérêts et l'engagement de René Thomas-Coële dans le théâtre des années 1920 aux années 1990. Il contient des programmes des centres dramatiques nationaux, des théâtres de Paris et de province mais aussi de certains théâtres nord-américains et de festivals internationaux.
Plus de 300 monographies, études critiques, témoignages et biographies de metteurs en scène et d'acteurs, renforcent la cohérence et la richesse documentaire du fonds René Thomas-Coële.
Ce fonds est signalé dans Calames. Les ouvrages ont été intégrés aux fonds de la bibliothèque et ont été catalogués.